A postura organizacional da Lotaçor em matéria de proteção do ambiente traduz-se na implementação de boas práticas internas e motivação dos seus colaboradores, fornecedores e distribuidores para o combate ao desperdício e minimização da pegada ambiental da Empresa.
Ao nível da gestão ambiental, a Lotaçor tem vindo a promover condições internas para a recolha seletiva de resíduos, de que se exemplifica o papel com destino à reciclagem.
Em 2012, a entidade externa ECOLUB certificou a Lotaçor como Empresa Amiga do Ambiente pela adesão ao Sistema Integrado de Gestão de Óleos Usados nos portos de pesca sob sua gestão.